אחד מהנושאים החשובים למגדלי תוכים הוא אבחון מוקדם של מחלות מדבקות כדוגמת מחלת המקור והנוצות, וירוס הפוליומה וכלמידיה.. אבחון נשאות והתפרצות של מחלות מדבקות נעשה בעיקר על ידי:
1. סימנים קליניים – אבחון זה נעשה לאחר התפרצות המחלה ולרב מאוחר מדי בכדי למנוע את הדבקתם של ציפורים נוספות בבית הגידול.
2. שליחת דם למעבדה בחו"ל לצורך אבחון גורם המחלה.
3. בדיקת נוגדנים, המעידה על חשיפה לפתוגן (מחולל מחלה) בשלב מסוים בחיי הציפור
מחלת הכלמידיה התגלתה לראשונה ב-1930 בעקבות פטירתן של מספר ציפורים ואנשים שהשתתפו בתערוכת ציפורים בדרום אמריקה. גורם המחלה הוא החיידק כלמידיה פסיתצ'י, אשר חי כטפיל תוך תאי בציפור. סימני המחלה מופיעים בעיקר במצבי עקה של הציפור אך הציפור יכולה להיות נשאית ולהפריש את החיידק גם ללא הסימנים הקליניים. משך דגירת המחלה נע מ-42 יום ועד מספר שנים. החיידק מועבר ומופץ דרך הפרשות הציפור ואבק הנוצות ויכול להדביק בני אדם, כלבים, סוסים, בקר, כבשים, צפרדעים ועזים. הסימנים הקליניים הנפוצים כוללים: שלשולים (צהבהבים), סימני מערכת הנשימה, חוסר תאבון וסימור נוצות. הרעלן המופרש מהחיידק פוגע בעיקר בכבד ובכליות. המחלה ניתנת לטיפול ע"י סידרת זריקות אנטיביוטיקה בציפורים ומתן אנטיביוטיקה אוראלית באדם.
במחלת המקור והנוצות גורם המחלה הוא וירוס אשר חי בבסיס הנוצות, אבק הנוצות, בדם הציפור ובמקור. הווירוס פוגע בייצור הנוצות, במערכת החיסון ובדם. ברוב המקרים המחלה סופנית הנובעת בעיקר מכשל חיסוני.
הסימנים הקליניים בגוזלים כוללים בעיות בניצוי ובמקור, חוסר תאבון, שלשול ומוות תוך 7-14 יום. גוזל אשר שרד נשאר נשא והמחלה יכולה לחזור בגיל מאוחר יותר. בציפור בוגרת המחלה נחשבת סופנית והציפור מתה לרוב 6-24 חודשים לאחר תחילת הסימנים הקליניים. ניתן לטפל
בזיהומים המשניים אך לא במחלה עצמה. ציפור נשאית למחלה, או המחלה נמצאת בשלבי דגירה לא מראה סימנים קליניים ולכן הדרך היחידה לדעת אם היא נשאית היא בבדיקת DNA במעבדה. אומנם בשנים האחרונות ישנם מספר דיווחים על ציפורים בוגרות אשר נשאו את המחלה והצליחו להבריא לחלוטין אך מקרים אלה נדירים ביותר וכל עוד הציפור נשאית היא יכולה להדביק ציפורים אחרות.
וירוס הפוליומה זוהה לראשונה בתוכונים בתחילת שנות השמונים, כאשר בלהקות רבות נצפתה תמותה מסיבית של גוזלים ונראו תוכונים עם בעיות ניצוי. כיום נפוצה המחלה ברוב מיני התוכים ובחלק מציפורי השיר. המחלה תוקפת בעיקר גוזלים ומובילה למוות תוך 48 שעות מרגע הופעת הסימנים הקלינים של הגוזלים הנגועים. הסימנים הקלינים כוללים אובדן תנועתיות בזפק, שלשולים ודימומים פנימיים. ציפור ששרדה את הוירוס נשארת נשאית לכל ימי חייה ומידת הפצת הנגיף משתנה בין הציפורים הנגועות. מחלת הפוליומה נחשבת בעייתית מאוד בקרב המגדלים. המחלה נפוצה מאד בארץ בעיקר בגלל שבעבר מספר מגדלים גידלו באותו בית גידול תוכונים וציפורים גדולות יחדיו. בארץ היו כמה מקרים בהם מתו מספר רב של גוזלים יקרים בגלל ציפורים קטנות שהוכנסו ללהקות הריבוי ונשאו את המחלה. אין אפשרות לדעת אם הציפור נשאית ללא בדיקת מעבדה. בדיקת מעבדה היא תהליך קצר העורך מספר ימים בלבד ולא יקר במיוחד אשר נעשה מטיפה בודדת של דם.
